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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已表示出广泛的的生物技术可溶性，具有抗恶性肿瘤和抗病力毒反应。一般是，三萜是完成甲羟戊酸经由制作而成的，并从绿色花草和真菌感染中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上先生发表了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的的科研综述。该的科研看见三萜类化学物质虫草粉酸（GA）是使用全自动提升的无柄虫草粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物制品导出引起的。采用转录组和血清质组学水平进两步打磨无柄虫草菌丝体中DHT引起四种虫草酸（GA）的制度，并利用几组学水平在线检测到的不一致性人类基因和不一致性血清，推算DHT 怪物制品分解成 GA 的路径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和特点各类

能够对无柄灵芝粉真菌孢子菌丝体开始转录组测序共达到67230个转录本和14293个单染色体组。在这个单染色体组中，493个被签定为不一致性表达爱方式爱染色体组（DEGs），这当中213个表达爱方式爱调整，279个表达爱方式爱上涨（图1A）。GO菌物丰度研究研究后，DEGs划分菌物整个流程（BP）、肿瘤癌细胞基本成分（CC）和团伙功用（MF）3类。在BP专业行业品目中，造成了前五个子专业行业品目：消炎药降解分泌整个流程，醋酸钠盐分泌整个流程和甲酸盐分泌整个流程;而在CC专业行业品目中，肿瘤癌细胞外区、突触黏结体、突触组成部分是前五个亚类。而对于MF专业行业品目，甲酸脱氢酶（NAD）活性氧氧酶、被氧化还原成酶活性氧氧酶和酸氨（或酰胺）进行连接酶活性氧氧酶是前五个亚专业行业品目（图1B）。在DEGs的KEGG通道研究研究中，前30条菌物丰度度较高的通道含有27条是分泌，这当中丁烷分泌、乙醛酸盐和二羧酸盐分泌、丙酸盐分泌信号灯通道偏态菌物丰度（图1D）。

图1|转录类物质析和效果划分类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

用对无柄灵芝粉念珠菌菌丝体制定膳食纤维质组学分享，共有制定了16,457种特殊肽、2606种膳食纤维质和2588种定量了解膳食纤维质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的建立前提下，没有你2606种膳食纤维质中，94种被技术鉴定为之间的关系展示爱膳食纤维（DEPs），这之中52种调涨，42种调整（图2A），图2C信息表现信息了之间的关系展示爱膳食纤维的聚类了解分享热图。从GO分享来讲，BP专业类别信息表现信息，大部分数DEPs参与活动醋酸钠盐降解工作、抗菌药降解降解工作和药降解降解工作。CC类DEPs在生殖上皮受损细胞核外区、过钝化物酶体和微体中占有率最低，钝化回归酶特异性和甲酸脱氢酶（NAD）特异性在MF类中DEPs的比例图最低（图2B）。与转录组毕竟同类，KEGG环路分享信息表现信息，非常多DEPs在降解中含有，这之中3条最含有的渠道是光合生态学中的碳加固、碳降解和MAPK4g信号环路（图2D）。不仅，用分享GO数剧库的CC对DEPs制定亚生殖上皮受损细胞核阐述分享和参考文献标注（图2E），DEPs具体分布点在生殖上皮受损细胞核质（40.66%）、生殖上皮受损细胞核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），基础理论上是GAs生态学合成视频的具体地理位置。

图2|血清质组的酶联免疫法定性分析和技能确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物应用和比对组侯选DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个相互影响抒发表观遗传（图3A）。对转录组和氨基酸质组中E组和C组共出的DEGs/DEPs来进行聚类算法介绍，表明mRNA和氨基酸质中有15-7个上浮表观遗传和5-7个变动表观遗传，DEGs与他翻译资料的DEPs抒发技术呈正涉及到的的，应用场景Pearson的涉及到的的弹性系数介绍，在转录组和氨基酸质组中查测到相应较高的涉及到的的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）测量然而呈现，E组和C组11个大概DEGs的表现能力对比分析正相关，中间9个为上涨DEGs，5个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表现现象与转录混合物析然而同样。

图3|淀粉酶质组的化学发光法讲解和功能模块安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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